Purificación de proteínas a partir de geles de poliacrilamida mediante extracción por sonicación Claudio A. Retamal,*,† Paula Thiebaut,* y Elias W. Alves*,‡,1 *Centro de Biociencias e Biotecnología (CBB/LQFPP), Universidade Estadual do Norte Fluminense, Río de Janeiro, Brasil; ‡Departamento de Bioquímica Médica (DBM/ICB), Universidad Federal de Río de Janeiro, Río de Janeiro, Brasil; y
En SDS-PAGE, el uso de dodecil sulfato de sodio (SDS, también conocido como lauril sulfato de sodio) y gel de poliacrilamida elimina en gran medida la influencia de la estructura y la carga, y las proteínas se separan únicamente en función de la longitud de la cadena polipeptídica.
La ampliación de escala desde el nivel de matraz agitador hasta un biorreactor a escala de laboratorio mejoró aún más el rendimiento de la enzima en 0,809 UmL-1. El peso molecular de la enzima (40 kDa), estimado mediante electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecil sulfato de sodio, se parecía mucho a la despolimerasa PHB de Aureobacterium saperdae.
La pureza se confirmó mediante HPLC, electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecil sulfato de sodio (SDS-PAGE), cromatografía de permeación en gel (GPC) y análisis de aminoácidos de alta sensibilidad. Este método alternativo es más rápido y compacto y puede producir de manera eficiente cantidades mucho mayores (>100×) que la técnica de laboratorio actual.
Prepare un gel de poliacrilamida desnaturalizante como se describe en Electroforesis de ARN en gel de poliacrilamida (Rio et al. 2010). Coloque el gel en la caja de gel, agregue tampón de electroforesis TBE (diluido a 1×) a los depósitos superior e inferior y haga funcionar el gel durante 15 a 45 minutos a un máximo de 1500 V/45 mA.
durante la purificación. Poznanskaja et al. (9) informaron que se requería la presencia de glicerol junto con 1,2-PD durante la purificación de la diol deshidratasa de K. pneumoniae para conservar la actividad máxima. Los patrones electroforéticos en gel de poliacrilamida de las fracciones activas se determinaron mediante el método de Laemmli (7) sin la inclusión de sodio
La alta resolución y capacidad de los geles de poliacrilamida los convierte en el método de elección para la purificación de oligonucleótidos. La urea rompe los enlaces de hidrógeno entre bases y, por lo tanto, permite que los oligonucleótidos se resuelvan casi exclusivamente en función del peso molecular en lugar de la estructura secundaria.
Método para crear una matriz de gel sólida, que comprende poner en contacto en una solución alcalina: (a) moléculas de poliacrilamida que tienen un grupo amida o más y (b) un aldehído que puede unirse covalentemente con al menos dos de los grupos amida en moléculas de poliacrilamida separadas para unir covalentemente las moléculas de poliacrilamida separadas. De acuerdo con la invención, se forman enlaces covalentes suficientes
Un método clásico es triturar el gel (mortero), eluir en bicarbonato de trietanolamina pH7, aplicar a una columna C18, lavar con tampón, lavar con tampón en acetonitrilo al 10% y eluir en TEA
Se utilizó el método de precipitación ExtraPEG optimizado (PEG al 8 % + lavado) para recolectar vesículas extracelulares, que se lisaron, se purificaron en gel y se digirieron en gel. Se extrajeron los péptidos resultantes